O protocolo de mecenato assinado em Outubro de 1998, entre o Instituto Português de Museus e a Cimpor, Cimentos de Portugal, permitiu levar a cabo a campanha de conservação e restauro da igreja da Madre de Deus e do coro baixo, sob a coordenação do Instituto Português de Conservação e Restauro. O apoio mecenático da Cimpor foi fundamental para estruturar esta complexa e extensa obra que, concluída em 2001, ficou documentada, no livro Igreja da Madre de Deus/história, conservação e restauro (IPM, 2002), como exemplo de uma qualificada intervenção em património integrado na arquitectura e correspondente musealização. Entre 2001 e 2005, o apoio mecenático da Fundação Millennium-BCP permitiu a realização de inúmeras actividades, entre as quais várias exposições e eventos que tiveram um papel determinante na atracção de novos públicos para o museu. A partir de Dezembro de 2010 e graças a novo apoio da Fundação Millennium-BCP este Museu passou a dispor de audio e video guias. Tanto uns como outros permitem uma maior autonomia a públicos com necessidades especiais. O apoio mecenático do Grupo EDIFER permitiu a remontagem no seu lugar original, em 2006, do presépio do convento da Madre de Deus, obra-prima da escultura barroca portuguesa desmontada após a extinção das Ordens religiosas, em 1834. Com museografia de Ricardo Viegas, pode ser visitado na Capela de Santo António, espaço do antigo convento da Madre de Deus que integra o percurso proposto ao visitante do Museu. O apoio mecenático da Associação Salvador permitiu criar neste museu novas acessibilidades para pessoas com mobilidade reduzida, através da instalação de rampas que permitem visitar os vários espaços abertos ao público, desde o restaurante aos espaços expositivos e igreja.
O apoio mecenático da Associação Salvador permitiu criar neste museu novas acessibilidades para pessoas com mobilidade reduzida, através da instalação de rampas que permitem visitar os vários espaços abertos ao público, desde o restaurante aos espaços expositivos e igreja.